Οι δύο ομάδες συναντήθηκαν για πρώτη φορά τη σεζόν 1931-32 στα ημιτελικά και τελευταία φορά ήταν την περυσινή σεζόν (2017-18) όταν και βρέθηκαν για δεύτερη συνεχόμενη στον τελικό.
Ο ΠΑΟΚ υπερτερεί στις προκρίσεις απέναντι στην ΑΕΚ καθώς έχει 8 έναντι 6. Η ομάδα της Θεσσαλονίκης έχει παράδοση στα ημιτελικά αφού έχει πάρει 4 στις 6 φορές εκείνη το εισιτήριο για τον τελικό του θεσμού.
Αντίθετα η ΑΕΚ υπερτερεί όταν συναντά τον ΠΑΟΚ στον τελικό με αφού έχει κατακτήσει τρία Κύπελλα (1939, 1978, 1983), όλα στην Αθήνα, με την ομάδα της Θεσσαλονίκης να έχει δύο το περυσινό στο ΟΑΚΑ και το 2017 στον Βόλο.
Η πιο ευρεία νίκη ανήκει στον ΠΑΟΚ, ο οποίος το 1982 είχε συντρίψει την ΑΕΚ με σκορ 6-1. Αξίζει να σημειωθεί ότι η ΑΕΚ είχε πάρει μια πρόκριση το 1952 έπειτα από στρίψιμο νομίσματος.
Αναλυτικά τα ματς των δύο «δικέφαλων» στο Κύπελλο
1931-32 (ημιτελικός)
ΑΕΚ-ΠΑΟΚ 2-1 (Ιλιάσκος, Μούγκρας – Παπαϊορδανίδης)
28 Μαΐου 1939 (τελικός)
ΑΕΚ- ΠΑΟΚ 2-1 (Χατζησταυρίδης 41', Μανέττας 73 - Καλογιάννης 33')
1951-52 (προημιτελικός)
ΑΕΚ-ΠΑΟΚ 1-1 (Παπαγεωργίου – Νεμπίδης)
ΠΑΟΚ-ΑΕΚ 0-0 (Η ΑΕΚ προκρίθηκε στο στρίψιμο του νομίσματος)
1963-64 (β' γύρος)
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 0-3
1964-65 (προημιτελικός)
ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 4-0
1970-71 (ημιτελικός)
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 3-2
1973-74 (φάση των 16)
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 3-1
1976-77 (φάση των 16)
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 2-1
1977-78 (τελικός)
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ 2-0 (50' Μπάγεβιτς, 80' Μαύρος)
1979-80 (φάση των 16)
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 1-0
1980-81 (διπλός ημιτελικός)
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 1-0
ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 0-2
1981-82 (φάση των 16, διπλός αγώνας)
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 6-1
ΑΕΚ-ΠΑΟΚ 2-2
1982-83 (τελικός)
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ 2-0 (27' Μαύρος, 80' Β. Βλάχος)
1991-92 (διπλός ημιτελικός)
ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-0
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 3-0
2001-2002 (προημιτελικός)
ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-1
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 0-4
2002-2003 (ημιτελικός)
ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 0-1
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 1-1
2010-2011 (ημιτελικός)
ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 0-0
ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 0-1
2016-17 (τελικός)
ΠΑΟΚ-ΑΕΚ 2-1 (24' Μπίσεσβαρ, 81' Ενρίκε-26' Χριστοδουλόπουλος)
2017-18 (τελικός)
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ 0-2 (65' Βιεϊρίνια, 92' Πέλκας)
